Nature Medicine：通过宏基因组学二代测序对感染的体液进行快速病原体检测

先知报道

2020-11-12

快速的宏基因组学二代测序（mNGS）测试是诊断体液未知感染的潜在工具。有鉴于此，美国加州大学旧金山分校的Charles Y. Chiu等研究人员，通过宏基因组学二代测序（mNGS）对感染的体液进行快速病原体检测。

本文要点

1）研究人员使用体液中的无细胞DNA进行了mNGS测试，以鉴定病原体。

2）使用两种测序平台对160名急性病患者的182种体液的mNGS测试性能进行了评估，并与使用培养物、16S细菌PCR和/或28S-内部转录核糖体基因间隔子（28S-ITS）真菌PCR的微生物学测试进行对比。

3）通过Illumina测序，细菌的检测灵敏度和检测特异性分别为79％和91％，真菌为91％和89％；通过纳米孔测序，细菌分别为75％和81％，真菌为91％和100％。

4）在12例培养/ PCR阴性体液但最终被确诊为感染的患者中，有7例（58％）是mNGS阳性。

5）实时计算分析可通过中值50分钟测序和6小时样品到应答时间的纳米孔测序实现病原体鉴定。

参考文献：

Wei Gu, et al. Rapid pathogen detection by metagenomic next-generation sequencing of infected body fluids. Nature Medicine, 2020.

DOI：10.1038/s41591-020-1105-z

https://www.nature.com/articles/s41591-020-1105-z