Nature Methods：利用纳米孔测序实现对人类细胞系染色质可及性和甲基化的同时检测
先知报道
2020-12-01
本文要点
1）研究人员通过应用GpC甲基转移酶外源性标记开放染色质，使用纳米孔测序来同时评估了长链DNA上的CpG甲基化和染色质可及性。
2）研究人员对四种人类细胞系（GM12878、MCF-10A、MCF-7和MDA-MB-231）进行了核小体占有率和甲基化组（nanoNOMe）的纳米孔测序。
3）单分子拆分可实现蛋白质和核小体结合的印迹，并确定了单个分子上的组合启动子表观遗传学特征。
4）长读测序使将读段稳固地分配给单倍型成为可能，从而能够生成完全分阶段的人类表观基因组，这由染色体水平的等位基因特异性CpG甲基化和染色质可及性组成。
5）研究人员进一步将其应用于乳腺癌模型，从而评估了差异性甲基化和癌细胞之间的可及性。
参考文献：
Isac Lee, et al. Simultaneous profiling of chromatin accessibility and methylation on human cell lines with nanopore sequencing. Nature Methods, 2020.
DOI：10.1038/s41592-020-01000-7
https://www.nature.com/articles/s41592-020-01000-7
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