Nature Methods：poly（A）转录组测序新技术

先知报道

2019-11-25

高通量互补DNA测序技术提高了我们对转录组复杂性和调控的理解。然而，这些方法丢失了生物RNA中包含的信息，因为复制的读长通常很短，而且不能保留修改。近日，美国约翰霍普金斯大学Winston Timp和加州大学圣克鲁斯分校Mark Akeson的研究团队合作，开发人多聚（A）转录组的纳米孔原位RNA测序技术。他们使用牛津纳米孔技术公司开发的原位poly（A）RNA测序策略来突破很多局限。该研究使用六个机构的三十个MinION流通池为人类细胞系GM12878生成了990万个比对序列片段。这些原位RNA片段的中位长度为771个碱基，最大比对长度超过21,000个碱基。线粒体poly（A）片段提供了读取长度质量的内部度量。他们将这些长纳米孔片段与更高准确度的短片段和带注释的GM12878启动子区域相结合，以鉴定出33,984个可能的RNA亚型。 他们描述了评估3'poly（A）尾巴长度，碱基修饰和转录单倍型的策略。

Rachael E. Workman, Alison D. Tang, Paul S. Tang, et al. Nanopore native RNA sequencing of a human poly(A) transcriptome. Nature Methods, 2019.

DOI: 10.1038/s41592-019-0617-2

https://www.nature.com/articles/s41592-019-0617-2