Nature Methods：用于空间分辨转录组研究的空间表达模式统计分析方法

先知报道

2020-02-10

在空间分辨的转录组研究中鉴定出表现为空间表达模式的基因是表征复杂组织空间转录组图谱的关键一步。近日，美国密歇根大学Xiang Zhou等研究人员，提出了一种叫做SPARK的统计方法，其可从各种空间分辨转录组技术产生的数据中识别基因的空间表达模式。SPARK通过广义线性空间模型直接对空间计数数据进行建模。它依靠最新开发的统计公式进行假设检验，可有效控制I型错误并具有较高的统计能力。SPARK利用基于惩罚拟似然的高效计算算法，还可以扩展到具有在成千上万个样本上测得的大量基因数据集。利用SPARK分析四个已发布的空间分辨转录组数据集，研究人员发现它的功能可能比现有方法强大十倍，并揭示了现有方法无法揭示的生物学发现。

Shiquan Sun, Jiaqiang Zhu, Xiang Zhou. Statistical analysis of spatial expression patterns for spatially resolved transcriptomic studies. Nature Methods, 2020.

DOI: 10.1038/s41592-019-0701-7

https://www.nature.com/articles/s41592-019-0701-7