Nature Biotechnology：新方法GT-Pro可快速准确地对人体肠道微生物组进行宏基因分型
先知报道
宏基因组学中的单核苷酸多态性（SNP）被用来量化种群结构、追踪菌株和确定微生物表型的遗传决定因素。然而，现有的基于比对的宏基因组SNP检测方法需要高性能的计算和足够的读数覆盖率来区分SNP和测序错误。有鉴于此，美国加州大学旧金山分校的Katherine S. Pollard、劳伦斯伯克利国家实验室的Stephen Nayfach等研究人员，开发出新方法GT-Pro，可快速准确地对人体肠道微生物组进行宏基因分型。
本文要点
1）研究人员开发了GenoTyper for Prokaryotes（GT-Pro），这是一套从基因组中编排SNP的方法，并使用独特的k-mers从宏基因组中快速对这些SNP进行基因分型。
2）与使用读数比对的方法相比，GT-Pro更准确，速度快两个数量级。
3）利用高质量的基因组，研究人员在909个人类肠道物种中构建了一个1.04亿个SNP的目录，并使用针对该目录的独特k-mers来描述了7459个样本中肠道微生物的全球种群结构。
4）GT-Pro能够在个人电脑上对数以百万计的SNP进行快速和内存效率高的宏基因分型。
参考文献：
Zhou Jason Shi，et al. Fast and accurate metagenotyping of the human gut microbiome with GT-Pro. Nature Biotechnology, 2021.
DOI：10.1038/s41587-021-01102-3
https://www.nature.com/articles/s41587-021-01102-3
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